La pérdida de información puede debilitar las puntuaciones genéticas del autismo

Caza de variantes: Mejores chips de microarrays pueden mejorar la precisión de las puntuaciones poligénicas para el autismo, pero aún no son perfectos./ Cortesía de Pasieka / Science Source

POR LAURA DATTARO

Fuente: Spectrum | 13/05/2022

Fotografía: Autism Spectrum

Las predicciones genéticas sobre las probabilidades de que un individuo padezca autismo pueden pasar por alto las contribuciones de las principales variantes asociadas a la condición

Las predicciones genéticas sobre las probabilidades de que un individuo padezca autismo pueden pasar por alto las contribuciones de las principales variantes asociadas a la condición, según los resultados presentados ayer en la reunión anual de la 2022 International Society for Autism Research. (Los enlaces a los resúmenes pueden funcionar sólo para los asistentes a la conferencia registrados).

Con cientos de genes y miles de variantes vinculadas al autismo, algunos investigadores están trabajando para crear "puntuaciones poligénicas" fiables. Entre ellos se encuentra Kelly Benke, científica adjunta de la Universidad Johns Hopkins de Baltimore (Maryland), que recurrió a Michael Yao, un estudiante de secundaria voluntario, para comprobar su análisis. Yao, que presentó el trabajo, descubrió que, a pesar de utilizar los mejores protocolos, habían dejado de lado sin querer algunas variantes fuertemente vinculadas al autismo.

"Hay una pérdida de información en estos resultados", dice Benke.

Para comprobar la extensión del problema, Benke y su equipo buscaron en tres conjuntos de datos -el estudio Early Autism Risk Longitudinal Investigation (EARLI), el Infant Brain Imaging Study (IBIS) y el estudio Markers of Autism Risk in Babies - Learning Early Signs (MARBLES)- 88 variantes, denominadas polimorfismos de un solo nucleótido (SNP), previamente identificadas en un gran estudio de asociación de todo el genoma. Incluso después de la corrección estándar de los datos, un análisis pasó por alto seis de las variantes.

"La comunidad genética no informa de esto", dice Benke. "Se limita a decir: 'Este es el número de SNPs que entraron en la puntuación'. Eso no te dice nada sobre si has perdido información importante y cuánta".

Antes de que los investigadores limpiaran los datos -un proceso común llamado imputación- sólo 28 de las 88 variantes aparecían en MARBLES, 52 en IBIS y 54 en EARLI, según descubrieron. Sin embargo, tras la imputación, pudieron identificar las 88 variantes en IBIS y EARLI, y 82 en MARBLES.

El estudio MARBLES utiliza un chip de microarrays que puede buscar SNPs en 1 millón de sitios genéticos, mientras que EARLI e IBIS utilizan uno más nuevo -el mayor disponible- que puede buscar en 5 millones de sitios. Pero el chip de 5 millones cuesta unos 500 dólares por genoma, dice Benke, lo que lo hace prohibitivo para muchos estudios.

El equipo también creó una nueva métrica para calificar el grado en que una determinada puntuación poligénica incorpora las variantes más fuertemente vinculadas al autismo. De una puntuación máxima de 1, IBIS obtuvo 0,9, EARLI 0,88 y MARBLES 0,87.

La métrica podría ser útil en futuras publicaciones de puntuaciones poligénicas, dice Benke. Ella y sus colegas están estudiando la posibilidad de crear una herramienta gratuita para ayudar a los investigadores a realizar el cálculo, pero mientras tanto la información necesaria es de libre acceso, dice.

Lea más informes de la reunión anual de 2022 de la Sociedad Internacional para la Investigación del Autismo.

Cite este artículo: https://doi.org/10.53053/OWBS1849

https://www.spectrumnews.org/news/information-loss-may-weaken-autism-genetic-scores/